Os estuários fornecem alimento e habitat a uma gama muito grande de organismos bênticos, epi-bênticos e pelágicos com papel determinante na cadeia alimentar marinha. Essa razão seria suficiente para serem reconhecidos como zonas ecologicamente importantes, que devem ser preservadas.
 
A água doce descarregada pelos rios transporta grandes quantidades de nutrientes e de matéria orgânica para os estuários, criando condições para o desenvolvimento dos produtores primários e consequentemente de uma cadeia alimentar muito activa.

Os estuários fornecem também protecção contra predadores. As vastas zonas de baixa profundidade – incluindo sapais – localizadas no interior dos estuários oferecem protecção à ictiofauna juvenil. O tempo de residência da água no seu interior cria condições para que os ovos de peixes pelágicos ecludam no interior do estuário, permitindo às larvas desenvolverem-se em zonas mais protegidas e mais ricas em alimento.

O rio descarrega também grandes quantidades de materiais finos que se depositam em grande parte no interior do estuário formando zonas de baixa profundidade e fundos vazosos normalmente ricos em matéria orgânica, que constituem habitat para grande variedade de espécies bênticas e para aves. Apesar da turbidez elevada, a baixa profundidade permite produção primária elevada, quer de carácter bentónico (em particular nas espraiados de maré) quer na própria coluna de água, como consequência da turbulência vertical.

Os estuários são também o caminho para espécies aquáticas que passam uma parte das suas vidas nos rios e outra parte no mar. Perturbações nos estuários têm necessariamente consequências negativas para as suas migrações.